「凸凹」と「凹凸」という漢字は、順番を入れ替えただけですがどのような違いがあるのでしょうか。

「凸凹（でこぼこ）」と「凹凸（おうとつ）」の意味の違い

「でこぼこ」や「おうとつ」という言葉は日常会話の中でもよく使います。
「でこぼこした道」や「表面におうとつがある」などの表現は一般的です。
それを漢字にした「凸凹（でこぼこ）」と「凹凸（おうとつ）」はあまり目にしませんが、立派な常用漢字です。

「凸凹（でこぼこ）」は「高低差があって平面ではない」という意味です。
「凹凸（おうとつ）」も意味は同じですが、「凸凹」の漢語的表現とされ、書き言葉での使用が中心になります。

「凸凹（でこぼこ）」は訓読みですが、語順を逆さにして「凹凸（おうとつ）」にすると音読みに変わります。
「凸凹」は「でこぼこ」とひらがなで表記して様々な場面で使われることがありますが、「凹凸」はひらがなにして使うことはほとんどなく、日本語の面白さを感じます。